Správnou funkci imunitního systému výrazným způsobem ovlivňuje střevní mikrobiota. 

Ve střevech dospělého člověka se nacházejí až dva kilogramy mikroorganismů – bakterie, viry i houby. Můžeme je rozdělit na hnilobné (zlé), které způsobují nadýmání a plynatost, a na bakterie kvasné, které podporují správné trávení, dotvářejí imunitní odezvu tvorbou protilátek a některých vitaminů.

Bakterie mléčného kvašení (Lactobacillus, Bifidobacterium aj.) najdeme nejen v kysaných mléčných výrobcích, jako jsou kefíry, zákysy nebo zrající jogurty, ale také ve fermentované zelenině, asijském kimchi nebo v nápoji kombucha. Jejich konzumací podpoříme růst těchto nám prospěšných bakterií.

Mimoto se kvasné bakterie rády živí i komplexními sacharidy a vlákninou, kterou nalezneme v mnoha obilovinách a zelenině. Rozladěná střevní mikrobiota může být příčinou vzniku depresí, idiopatických střevních zánětů, jako je Crohnova choroba, ulcerózní kolitida či manifestace autoimunitních onemocnění.