Příčiny schizofrenie nejsou dosud přesně objasněny. V moderním pojetí hovoříme o neurovývojovém onemocnění spojeném v některých případech s akcelerací procesů stárnutí nervové soustavy, které typicky propuká nejčastěji v období adolescence a časné dospělosti.

Odpověď na tuto otázku není jednoduchá, existuje řada teorií, ale nepochybně vždy hrají roli genetické předpoklady. Každý z nás se můžeme narodit s větší či menší dispozicí k tomu, že onemocní schizofrenií, přesto ani lidé s největší teoretickou mírou dispozice onemocnět vůbec nemusí. Důležité pro propuknutí nemoci je, jak se zdá, působení stresových faktorů, ale i jiných exogenních faktorů, a to především v některých kritických časových oknech našeho života.

Příkladem složitosti této problematiky je aktuální bohatá diskuze o tom, jak se na nárůstu výskytu schizofrenie podílí zvýšená konzumace psychoaktivních látek, především marihuany a stimulancií (u nás pervitinu), a to především v období, kdy se lidský mozek velmi aktivně synapticky mění a upravuje – tj. v adolescenci a časné dospělosti. Důvodem je i změna koncentrace různých látek v marihuaně, a to především protože se využívají jiné chemotypy a mění se způsoby pěstování, které se převážně provádí v uměle vytvořených podmínkách.